مطالعات حیوانی از واکسن های خوراکی در برابر تنوعی از بیماری های عفونی نتایج امیدوار کننده ای را ایجاد کرده است (۱۴۳).
در اولین آزمایش انسانی واکسن خوراکی، داوطلبان تکه های کوچکی از سیب زمینی خام که به صورت ژنتیکی به منظور تولید بخشی از توکسین یک Ecoli مهندسی شده بود را خوردند، سطوح سرم و آنتی بادی های روده ای و آنتی بادی در آن ها افزایش یافتنه بود (۱۷۳). یک مطالعه در مدل موشی از ایمنی زایی دهانی با VLPها در برابر HPV محافظت کامل را در برابر HPV نشان داده است (۱۷۳).
CANSA و دانشگاه Cape town به طور مشترک در جنوب آفریقا در حال بررسی تنوع سیستم های بیانی HPVهستند، از جمله گوجه فرنگی که مصرف خوراکی رایجیی دارد (۱۷۴).
جداول زیر نشان دهنده ی کلیه واکسن های درحال توسعه برای HPV می باشد (۳۴).

( اینجا فقط تکه ای از متن پایان نامه درج شده است. برای خرید متن کامل فایل پایان نامه با فرمت ورد می توانید به سایت feko.ir مراجعه نمایید و کلمه کلیدی مورد نظرتان را جستجو نمایید. )

جدول ۲-۲: واکسن های پیشگیری کننده در حال توسعه

جدول۲-۳: واکسن های درمانی HPV درحال توسعه

بنابراین با ورود واکسن های کاندید HPV در فاز سه آزمایشات بالینی یک واکسن پیشگیری کننده با دوام در برابر یک یا دو نوع از HPV می تواند در کمتر از پنج سال در دسترس باشد. واکسن های پیشگیری کننده به احتمال زیاد ابتدا به صورت VLPs های خالص شده ساخته می شوند که ممکن نیست این واکسن ها برا ی نیاز کشورهای در حال توسعه به دلیل هزینه و نگرانی های دیگر مناسب باشند (۱۷۱).
بسیاری از واکسن های درمانی تحت بررسی، بعنوان تکمیل کننده درمان برای مراحل پیشرفته بیماری طراحی شده اند و هنوز مشخص نیست که چه طور به نفع زنان HPV مثبت ارئه خواهند شد. واکسن درمانی طراحی شده برای عاری نمودن عفونت HPV در مراحل ابتدایی کمتر پیشرفت داشته اند اما برای کاهش آسیب، درد، رنج و هزینه های درمان در ارتباط با بیماری های رحمی در حال پیگیری هستند (۱۷۱).
بر مبنای مطالب ذکر شده، به نظر می رسد که تحقیق بر روی واکسنی که بتواند تنوع زیادی از HPVها را در بر بگیرد و همچنین هزینه ی واکسن های قبلی را نداشته باشد، ضروری است. بنابراین ممکن است واکسن یونیورسال برای HPV، یکی از گزینه های منتخب و قابل بررسی باشد.

۲-۱۸- اهمیت پاسخ های ایمنی هومورال و واکسن های پیشگیری کننده

مطالعات بر روی حیوانات نشان داد که آنتی بادی های خنثی کننده ویروس می تواند میزبان را در برابر عفونت محفاظت نماید. بیان پروتئین نوترکیب HPV L1 در سلول‌های یوکاریوتی، ذرات شبه ویروسی VLP را تولید می کنند که از نظر مورفولوژی و خواص ایمونولوژیک شبیه ویروس اصلی هستند (۱۷۵). پروتئین کپسیدی L2 وقتی به طور همزمان با L1 بیان می‌شود به درون VLP ها وارد می شود. VLPهایی که فقط از L1 تشکیل شده‌اند، قادرند سطوحی از آنتی بادی های خنثی کننده را القاء کنند که با مقادیر القاء شده توسط ویروس‌های اصلی قابل مقایسه است و آزمایش های زیادی با بهره گرفتن از پاپیلوماویروس حیوانی و مدل های حیوانی و واکسن‌های VLP تولید شده علیه L1 پاپیلوماویروس های حیوانی انجام شده است (۱۷۶). متاسفانه ایمن سازی با پروتئین کپسیدی اثرات درمانی معنی داری را در عفونت‌های پایای HPV که ویروس ها از خنثی سازی آنتی بادی فرار کرده اند، ایجاد نمی کند.

۲-۱۹- اهمیت پاسخ های ایمنی سلولی و واکسن های درمان کننده

چندین دلیل وجود دارد که نشان می دهد پاسخ های ایمنی سلولی در کنترل عفونت های HPV و نئوپلاسم‌های مرتبط با آن اهمیت دارند (۱۷۶):
شیوع بیماری‌های مرتبط با HPV در دریافت کنندگان پیوند و بیماران آلوده به HIV ( که در هر دو گروه در سیستم ایمنی سلولی اختلاف ایجاد شده است)، بیشتراست (۱۳۶).
در مطالعات بر روی حیوانات ثابت شده است که حیوانات ایمن شده با واکسن درمانی در برابر عفونت پاپیلوماویروس و پیشرفت نئوپلازی محافظت شده‌اند و ایمن سازی باعث بهبودی ضایعات موجود شده است (۱۳۶).
در زگیل‌هایی که بطور خودبخودی بهبود یافته‌اند، ارتشاح سلول‌های T سلول کش CD8+ و سلول های T کمکی CD4+ مشاهده شده است (۱۳۶).
در بیمارانی که داروهای سرکوبگر ایمنی استفاده می کنند، وقتی دارو قطع می شود و عملکرد لنفوسیت های TCD8+ نرمال می شود، زگیل ها ناپدید می شوند (۱۳۶).
همانطور که قبلا نیز اشاره شد پروتئین های E6 و E7 به طور مداوم در همه مراحل سرطان گردن رحم بیان می شوند، لذا می‌توان از آنها به عنوان یک مولکول هدف ایده آلی جهت تولید واکسن های درمانی و ایجاد شیوه های جدید ایمنوتراپی علیه تومورهای پاپیلوما استفاده کرد (۱۶۹). این مولکول ها، پروتئین های اولیه ویروس هستند که در هنگام پیشرفت بدخیمی درسلول های آلوده بیان می شوند. در حقیقت به نظر می رسد وجود این مولکول‌ شرط لازم برای تکثیر مداوم سلول‌ها باشد (۲۵). این پروتئین ها توانایی ترانسفورم کنندگی دارند و در تومورزایی HPV دخالت می کنند. در سیستم های موش های ترانسژنیک، بیان این ژن ها منجر به تشکیل تومور شد و اهمیت E6 و E7 را در سرطان زایی در گردن رحم مشخص کرد (۲۵).

۲-۲۰-ایمونوانفورماتیک در علم واکسن

ﺑﺎ ﺷﮑﻮﻓﺎﯾﯽ یافته های اﯾﻤﻮﻧﻮﻟﻮژی در ﻣﻘﺎﻻت ﻋﻠﻤﯽ که به ﺳﺒﺐ اﺳﺘﻔﺎده از ﻓﻨﻮن ﺗﺠﺮﺑﯽ در ﻃﯽ زﻣﺎن ﺣﺎﺻﻞ ﮔﺮدﯾﺪه ﺑﻮد، طیف وﺳﯿﻌﯽ از اﻃﻼﻋﺎت ﻋﻤﻠﮑﺮدی، ﺑﺎﻟﯿﻨﯽ و اﭘﯿﺪﻣﯿﻮﻟﻮژﯾﮑﯽ ﺑﺪﺳﺖ آﻣﺪ. در اﯾﻦ ﻣﯿﺎن توسعه راهکار های ﺟﺪﯾﺪ ﻣﺤﺎﺳﺒﺎﺗﯽ جهت ذﺧﯿﺮه و آﻧﺎﻟﯿﺰ اﯾﻦ اﻃﻼﻋﺎت اﻣﺮی ﺿﺮوری به ﻧﻈﺮ ﻣﯽ رﺳﯿﺪ، ﻟﺬا ﻣﺤﻘﻘﺎن به ﻃﻮر روز اﻓﺰوﻧﯽ به ﺳﻤﺖ اﺳﺘﻔﺎده از ﻗﺎﺑﻠﯿﺖ های ﻣﻨﺎﺑﻊ و ﻧﺮم اﻓﺰارهای ﺑﯿﻮاﻧﻔﻮرﻣﺎﺗﯿﮑﯽ در ﺑﺮﺧﯽ از ﺣﻮزه های اﯾﻤﻨﯽ ﺷﻨﺎﺳﯽ، جهتﯾﺎﻓﺘﻦ اطلاعات، اﻓﺰاﯾﺶ ﮐﯿﻔﯿﺖ و ﮐﺎراﯾﯽ ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت ﺧﻮد روی آورده اﻧﺪ (۱۸۰). به ﻣﻨﻈﻮر ﺷﻨﺎﺳﺎﯾﯽ دﻗﯿﻖ ﺷﺎﺧﺺ های آﻧﺘﯽ ژﻧﺘﯿﮏ ﻧﯿﺎز به ﺑﺪﺳﺖ آوردن ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ ﻣﻮرد ﻧﻈﺮ از ارﮔﺎﻧﯿﺴﻢ و ﺷﻨﺎﺧﺖ ﻣﻨﺎﺳﺐ ﻗﻄﻌﺎت ﭘﭙﺘﯿﺪی ﺑﺪﺳﺖ آﻣﺪه از آن و آزﻣﺎﯾﺶ ﺑﺮ روی آن ها جهت ﺷﻨﺎﺳﺎﯾﯽ ﻓﻌﺎﻟﯿﺖ اﯾﻤﻨﯽ زاﯾﯽ ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ. اﯾﻦ ﭼﻨﯿﻦ ﻣﻄﺎﻟﻌﺎﺗﯽ ﻃﺎﻗﺖ ﻓﺮﺳﺎ، زﻣﺎن ﺑﺮ و ﭘﺮ هزینه ﺑﻮده ﺑﻨﺎﺑﺮاﯾﻦ ﺗﻼش و توجه ﻣﺤﻘﻘﯿﻦ به ﺳﻤﺖ توسعه روش های ﺳﺮﯾﻌﺘﺮ ﻧﻈﯿﺮ ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ، ﻣﺒﺘﻨﯽ ﺑﺮ ﺗﻮاﻟﯽ آﻣﯿﻨﻮ اﺳﯿﺪ ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ ﻣﻮرد ﺑﺮرﺳﯽ ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ (۱۸۱).
در ﺳالهای اﺧﯿﺮ اﯾﻤﻮﻧﻮاﻧﻔﻮرﻣﺎﺗﯿﮏ ﯾﺎ اﯾﻤﻮﻧﻮﻟﻮژی ﻣﺤﺎﺳﺒﺎﺗﯽ به ﻃﻮر وﺳﯿﻌﯽ به ﻋﻨﻮان راهکار ﻗﺪرﺗﻤﻨﺪی جهت آﻧﺎﻟﯿﺰ، ﻣﺪل ﺳﺎزی و ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﻋﻤﻠﮑﺮد ﺳﯿﺴﺘﻢ اﯾﻤﻨﯽ در دو ﺣﺎﻟﺖ ﺳﻼﻣﺘﯽ و ﺑﯿﻤﺎری ﻣﻮرد توجهﻗﺮار گرفته اﺳﺖ (۱۸۲). ﺧﺼﻮﺻﺎ اﯾﻦ که ﺳﺒﺐ ﺗسهیل توسعه واﮐﺴﻦ های ﻧﻮﯾﻦ ﻣﺒﺘﻨﯽ ﺑﺮ داده های ژﻧﻮﻣﯿﮏ و ﭘﺮﺗﺌﻮﻣﯿﮏ ﺷﺪه اﺳﺖ. اﯾﻦ ﭼﻨﯿﻦ واﮐﺴﻦ هاﯾﯽ، به ﺧﺼﻮص آن هاﯾﯽ که ﺑﺮ علیه ﺑﯿﻤﺎری هاﯾﯽ ﻋﻔﻮﻧﯽ هستند ﺑﯿﻤﺎری های که ﺳﺒﺐ اﺑﺘﻼ و ﻣﺮگ ﮔﺮوه زﯾﺎدی در ﺗﻤﺎم جهان ﻣﯽ ﺷﻮﻧﺪ ﺣﺎﺋﺰ اهمیت اﺳﺘﺮاﺗﮋﯾﮏ از ﻧﻈﺮ ﺳﻼﻣﺘﯽ جهانی ﻣﯽ ﺑﺎﺷﻨﺪ (۱۸۲).
ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ های ﺑﺎ اﯾﻤﻮﻧﻮژنیسیته ﺑﺎﻻ همچنان به ﻋﻨﻮان ﯾﮏ اﻣﺮ ﺣﯿﺎﺗﯽ و ﭼﺎﻟﺶ ﺑﺮاﻧﮕﯿﺰ در ﺑﯿﻮاﻧﻔﻮرﻣﺎﺗﯿﮏ ﺧﻮدﻧﻤﺎﯾﯽ ﻣﯽ ﮐﻨﺪ. ﭘﯿﭽﯿﺪﮔﯽ ذاﺗﯽ ﺷﻨﺎﺳﺎﯾﯽ آﻧﺘﯽ ژن، ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ را ﻣﺸﮑﻞ ﻣﯽ ﮐﻨﺪ از اﯾﻦ رو اﻟﮕﻮرﯾﺘﻢ های ﻣﺘﻨﻮﻋﯽ جهت ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ ها ﻃﺮاﺣﯽ ﺷﺪه اﻧﺪ (۱۸۳).
ﺑﺎ در دﺳﺖ داﺷﺘﻦ اﻃﻼﻋﺎت ﮐﺎﻓﯽ، دﺳﺘﺮﺳﯽ به ﺗﮑﻨﻮﻟﻮژی های ﺟﺪﯾﺪ ﺷﻨﺎﺳﺎﯾﯽ، اﻟﮕﻮرﯾﺘﻢ های طبقه ﺑﻨﺪی ﺷﺪه و اﺑﺰارهای محاسبه ای که ﻣﻨﺎﻃﻖ ﺑﺎ آﻧﺘﯽ ژﻧﯿﺴﯿﺘﯽ ﺑﺎﻻ را در ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ ﭘﯿﺶ ﺑﯿﻨﯽ ﻣﯽ ﮐﻨﻨﺪ ﺗﻘﺮﯾﺒﺎ ﻣﯽ ﺗﻮان ﺑﺎ اﺣﺘﻤﺎل ﺑﺎﻻﯾﯽ ﻧﻮاﺣﯽ اﯾﻤﻮﻧﻮژﻧﯿﮏ را در ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ ﺷﻨﺎﺳﺎﯾﯽ ﮐﺮد (۱۸۳).
نقشه ﯾﺎﺑﯽ ﭘﺘﺎﻧﺴﯿﻞ اپی توپ هایﺳﻠﻮل B و T اﯾﻦ اﻣﮑﺎن را به اﯾﻤﻨﯽ ﺷﻨﺎسان می دهدکه ژﻧﻮم ﭘﺎﺗﻮژن را جهت ﺑﺮرﺳﯽ ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ های آﻧﺘﯽ ژﻧﯿﮏ ﻣﻮرد ﭘﺎﯾﺶ و آﻧﺎﻟﯿﺰ ﻗﺮار دهد و از هزینه ها و زﻣﺎن ﻣﯽ کاهد که اﯾن روش به واﮐﺴﯿﻨﺎﺳﯿﻮن ﻣﻌﮑﻮس ﻣﻌﺮوف ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ (۱۸۴).
اﯾﻦ روش ﻃﺮاﺣﯽ ﭼﻮن ﻧﯿﺎز به ﮐﺸﺖ ﭘﺎﺗﻮژن و ﺳﭙﺲ اﺳﺘﺨﺮاج ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ های آﻧﺘﯽ ژﻧﯿﮏ را ﺑﺎ روش های ﻣﺮﺳﻮم ﻣﺤﺪود ﻣﯽ ﮐﻨﺪ، حائز اهمیت ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ. ﺑﺮﺧﯽ از ﺣﻮزه های ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت اﯾﻤﻮﻧﻮاﻧﻔﻮرﻣﺎﺗﯿﮏ، اﯾﻤﻮﻧﻮژﻧﻮﻣﯿﮑﺲ، اﯾﻤﻮﻧﻮﭘﺮﺗﺌﻮﻣﯿﮑﺲ، ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ ها و واﮐﺴﯿﻨﺎﺳﯿﻮن in silico، ﺷﻨﺎﺳﺎﯾﯽ ژن های مهم، ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ هاﯾﯽ ﻣﺴﺘﻘﺮ در ﺳﻄﻮح، آﻟﺮژن ها، ﺳﺎﺧﺖ ﭘﺎﯾﮕﺎه داده اﯾﻤﻨﯽ ﺷﻨﺎﺳﯽ و ﻣﺪل ﺳﺎزی ﭘﺎﺳﺦ ﺳﯿﺴﺘﻢ اﯾﻤﻨﯽ و شبیه ﺳﺎزی آزﻣﺎﯾﺸﺎت آزمایشگاهی ﻗﻠﻤﺮوهای ﻣﺘﻔﺎوت ﻋﻠﻢ اﯾﻤﻮﻧﻮاﻧﻔﻮرﻣﺎﺗﯿﮏ ﻣﯽ ﺑﺎﺷﻨﺪ. اﺧﯿﺮا ﻧﯿﺰ رهیافت های زﯾﺴﺖ ﺷﻨﺎﺳﯽ ﺳﯿﺴﺘﻤﺎﺗﯿﮏ به ﻣﻨﻈﻮر ﺑﺮرﺳﯽ ﺧﺼﻮﺻﯿﺖ رﻓﺘﺎر ﭘﻮﯾﺎی ﺳﯿﺴﺘﻢ اﯾﻤﻨﯽ جهتﮔﯿﺮی ﮐﺮده اﻧﺪ، در آﯾﻨﺪه نه ﭼﻨﺪان دور ﭘﯿﺸﺮﻓﺖ ﻋﻠﻢ اﯾﻤﻮﻧﻮاﻧﻔﻮرﻣﺎﺗﯿﮏ ﺗﺎﺛﯿﺮات ﻓﺰاﯾﻨﺪه و ﭼﺸﻤﮕﯿﺮی را در ﺳﻼﻣﺘﯽ ﻋﻤﻮﻣﯽ خواهد داﺷﺖ. اﯾﻦ ﻋﻠﻢ در ﺣﺎل ﺣﺎﺿﺮ در اﺑﺘﺪای ﻣﺴﯿﺮ ﭘﯿﺸﺮﻓﺖ و ﺗﺮﻗﯽ ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ (۱۸۰).
روش های ﺳﻨﺘﯽ اﯾﻤﻮﻧﻮاﻧﻔﻮرﻣﺎﺗﯿﮏ که ﺑﺮ اﺳﺎس ﭘﺮوﻓﺎﯾﻞ ﺗﻮاﻟﯽ ها ﻣﯽ ﺑﺎﺷﻨﺪ از ﻧﻈﺮ محاسبات ﺳﻮدﻣﻨﺪ و ﮐﺎرﺑﺮدی هستند، اﻣﺎ در زﻣﺎنیکه ﺗﻮاﻟﯽ ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ شناخته ﺷﺪه اﺳﺖ در ﺑﺮﺧﯽ اوﻗﺎت ﺗﺎ اﻧﺪازه ای ﻗﺎﺑﻞ اﻧﺘﻘﺎد و ﻏﯿﺮ واﻗﻌﯽ ﻣﯽ ﺑﺎﺷﻨﺪ زﯾﺮا ﺗﻮاﻟﯽ ﭘﺮوﺗﺌﯿﻨﯽ را از ﻟﺤﺎظ ﻣﻌﯿﺎر ﺳﺎﺧﺘﺎر ﻓﻀﺎﯾﯽ و اﺑﻌﺎد ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ در جهت ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺳﻠﻮل B ﻣﻮرد ارزﯾﺎﺑﯽ ﻗﺮار ﻧﻤﯽ دهند (۱۸۰).
اﻣﺎ اﯾﻦ اﻧﺘﻘﺎد به روش های دﯾﮕﺮ که ﺟﺰﺋﯿﺎت ﺳﺎﺧﺘﺎر سه ﺑﻌﺪی ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ را به ﺑﺮرﺳﯽ ﺗﻮاﻟﯽ به تنهایی جهت ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺳﻠﻮل B ﺗﺮﺟﯿﺢ ﻣﯽ دهند و ﯾﺎ جهت اﻓﺰاﯾﺶ ﻗﺪرت ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ از ﺗﮑﻨﯿﮏ های ﭘﯿﭽﯿﺪه ﺗﺮ و ﺳﻨﺠﯿﺪه ﺗﺮ محاسبهای اﺳﺘﻔﺎده ﻣﯽ ﮐﻨﻨﺪ، ﭼﻨﺪان وارد ﻧﯿﺴﺖ (۱۸۳).
ﻣﺘﺎﺳﻔﺎنه اﻋﺘﺒﺎر ﺳﻨﺠﯽ روش هایﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺳﻠﻮل B ﻋﻤﻮﻣﺎ ﺑﺎ ﻗﻄﻌﯿﺖ اﻣﮑﺎن ﭘﺬﯾﺮ ﻧﯿﺴﺖ، که اﯾﻦ اﻣﺮ ﺳﺒﺐ هدایت ﺗﻼش ها به ﺳﻮی بهبود و اﺻﻼح ﺳﯿﺴﺘﻤﺎﺗﯿﮏ روش ها، جهت ﺗﻘﻮﯾﺖ بهتر ﻃﺮاﺣﯽ واﮐﺴﻦ های ﭘﭙﺘﯿﺪی ﻣﯽ ﺷﻮد (۱۸۴).
همچنین اﮐﺜﺮﯾﺖ روش های ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺑﺮای ﺳﻠﻮل های T اﯾﻦ ﻋﻤﻞ را به ﻃﻮر ﻏﯿﺮﻣﺴﺘﻘﯿﻢ ﺑﺎ ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ های ﺑﺎ اﻓﯿﻨﯿﺘﯽ ﺑﺎﻻ ﺑﺮای ﻣﻮﻟﮑﻮل MHC اﻧﺠﺎم ﻣﯽ دهند، که اﯾﻦ اﻣﺮ ﺧﺎﻟﯽ از اﺷﮑﺎل ﻧﯿﺴﺖ و ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ های آﯾﻨﺪه ﺑﺎ اﺗﺼﺎل ﭘﭙﺘﯿﺪ به TCR هم در ﺑﺮ ﺑﮕﯿﺮد. ﻋﻠﯽ رﻏﻢ ﺑﯿﺶ از رﺑﻊ ﻗﺮن ﺗﻼش در جهت ﺗﻮاﻧﻤﻨﺪ ﺳﺎزی ﻣﻮﻓﻖ توسعه واﮐﺴﻦ های ﭘﭙﺘﯿﺪی که ﺑﺮ ﭘﺎیه آﻧﺎﻟﯿﺰ اﻃﻼﻋﺎت ﺑﯿﻮﻣﺎرﮐﺮهای در دﺳﺘﺮی ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ، اﻣﺎ تنها ﭘﯿﺸﺮﻓﺖ ﺣﺪاﻗﻠﯽ به ﺳﻤﺖ ﮐﺎرﺑﺮد هایﺗﺎﺋﯿﺪ ﺷﺪه ﺑﺎﻟﯿﻨﯽ ﺑﺮداﺷته ﺷﺪه اﺳﺖ (۱۸۰).
اﯾﻦ اﻣﺮ ﺷﺎﯾﺪ ﻣﻨﻌﮑﺲ ﮐﻨﻨﺪه ﭼﻨﺪﯾﻦ ﻣﺸﮑﻞ ﺗﮑﻨﯿﮑﯽ ﻧﻈﯿﺮ ﭘﺎﯾﺪاری ﭘﭙﺘﯿﺪ در in vivo و ادﺟﻮاﻧﯿﺴﯿﺘﯽ ﭘﺎﺋﯿﻦ، که ﺷﺎﯾﺪ هنوز ﻣﯽ ﺑﺎﯾﺴﺖ از ﻃﺮﯾﻖ اﺻﻼﺣﺎت ﻣﻨﺎﺳﺐ ﭘﺮوﺗﻮﮐﻞ ها ﺑﺮای تهیه اﯾﻤﻮﻧﻮژن و اﯾﻤﻦ ﺳﺎزی برطرف ﺷﻮد (۱۸۳).
همچنین باید ﭘﯿﭽﯿﺪﮔﯽ های ﺳﻼﻣﺘﯽ جهانی ﻧﯿﺰ در ﻃﺮاﺣﯽ ﻣﺪ ﻧﻈﺮ ﻗﺮار ﮔﯿﺮد. به هر ﺣﺎل اﯾﻦ ﻣﻮﺿﻮع ﺳﺒﺐ ﺗﻮجهات ﺟﺪی درﺑﺎره اﻣﮑﺎن ﻃﺮاﺣﯽ واﮐﺴﻦ های ﭘﭙﺘﯿﺪی ﺷﺪه اﺳﺖ. از ﺳﺎل ٢٠٠۵ ﯾﻜﻲ از ﺑﺰرﮔﺘﺮﯾﻦ ﻣﻄﺎﻟﻌﺎت ﺗﺎرﯾﺦ واﻛﺴﻦ ﺳﺎزی جهت ﺗﻮﻟﯿﺪ واﻛﺴﻨﯽ ﻣﻨﺎﺳﺐ ﺑﺮ ﻣﺒﻨﺎی ﺗﮑﻨﻮﻟﻮژی واﮐﺴﯿﻨﺎﺳﯿﻮن ﻣﻌﮑﻮس و واﮐﺴﻦ های اﭘﯽ ﺗﻮﭘﯽ (ﭘﭙﺘﯿﺪی) ﺑﺮای ﻣﺎﯾﻜﻮﺑﺎﻛﺘﺮﯾﻮم ﺗﻮﺑﺮﻛﻠﻮزﯾﺲ، ﺳﯿﻔﻠﯿﺲ، ﻣﺎﻻرﯾﺎ، ﻛﻼﻣﯿﺪﯾﺎ، ﭘﻨﻮﻣﻮﻛﻮک، اﺳﺘﺮﭘﺘﻮﻛﻮک ها، ﭘﺴﻮدوﻣﻮﻧﺎس، ﺑﻮرﻟﯿﺎ، رﯾﻜﺘﺰﯾﺎ و ﺑﺎرﺗﻮﻧﻼ در ﺣﺎل اﻧﺠﺎم اﺳﺖ (۱۸۴). از ﺑﺰرﮔﺘﺮﯾﻦ ﻣﺸﻜﻼت اﯾﻦ روش اﯾﻦ اﺳﺖ که ﺳﺎﺧﺘﺎرهای ﭘﻠﯽ ﺳﺎﻛﺎرﯾﺪی که در اﯾﺠﺎد اﯾﻤﻨﻲ ﺑﻮاسطه ﺳﻠﻮل T ﺣﺎﺋﺰ اهمیت هستند ﻗﺎﺑﻞ ﺑﺮرﺳﻲ ﻧﯿﺴﺘﻨﺪ ﭼﻮن ﺗﻮاﻟﯽ ژﻧﻮﻣﻲ ﺑﺮای ﭘﻠﯽ ﺳﺎﻛﺎرﯾﺪها وﺟﻮد ﻧﺪارد، همچنین همیشه ﻣﺪل ﺣﯿﻮاﻧﯽ ﻣﻨﺎﺳﺐ ﺑﺮای ﺑﺮرﺳﯽ اﯾﻤﻨﻲ زاﺋﯽ از ﭼﺎﻟﺶ های اﯾﻦ روش ﺑﻮده اﺳﺖ(۱۸۵).

۲-۲۰-۱-ﭘﺎﯾﮕﺎه های داده ها (Databases)

۲-۲۰-۱-۱- پایگاه های داده اﯾﻤﻮﻧﻮﻣﯿﮏ

اﻣﺮوز داﻧﺶ ﺑﺸﺮ از ﭘﺎﺳﺦ های اﯾﻤﻨﯽ به اپی توپ هایﺳﻠﻮل های B و T به ﻃﻮر ﺷﮕﺮﻓﯽ در ﺣﺎل اﻓﺰاﯾﺶ اﺳﺖ. ﭘﺎﯾﮕﺎه های داده ﻣﺮﺑﻮط به اﻃﻼﻋﺎت اپی توپ ها، اﺑﺰارهای ﺑﯿﻮاﻧﻔﻮرﻣﺎﺗﯿﮏ و اﻟﮕﻮرﯾﺘﻢ های ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﮐﻨﻨﺪه به درک ﺳﺎﺧﺘﺎر و ﺗﻮاﻟﯽ اپی توپ های آﻣﯿﻨﻮاﺳﯿﺪها ﮐﻤﮏ ﺷﺎﯾﺎﻧﯽ ﻣﯽ ﮐﻨﻨﺪ. اﯾﻦ داﻧﺶ جهت ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت اﯾﻤﻨﯽ ﺷﻨﺎﺳﯽ، ﺗﺸﺨﯿﺺ و درﻣﺎن ﺑﯿﻤﺎری هایﻋﻔﻮﻧﯽ و ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت واﮐﺴﻦ ﺷﻨﺎﺳﯽ ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ(۱۸۶). ﺑﺮای ﻣﺜﺎل: ﭘﺎﯾﮕﺎه اﻃﻼﻋﺎﺗﯽ( (InnateDb http://www.innatedb.ca جهت فهم دﻗﯿﻖ و ﮐﺎﻣﻞ ﻣﺴﯿﺮ های شبکه ای و ﻣﯿﺎن ﮐﻨﺶ های ﭘﺎﺳﺦ های اﯾﻤﻨﯽ ذاﺗﯽ طراحی ﺷﺪه اﺳﺖ (۱۸۷). اﯾﻦ ﭘﺎﯾﮕﺎه ﯾﮑﭙﺎرچه از ١٠٠٠٠٠ واﮐﻨﺶ از ﻣﻮﻟﮑﻮل های اﻧﺴﺎن و ﻣﻮش که به ﻃﻮر ﺗﺠﺮﺑﯽ ﺗﺎﺋﯿﺪ ﺷﺪه اﻧﺪ و ٢۵٠٠ ﻣﺴﯿﺮ دﺧﯿﻞ در اﯾﻤﻨﯽ ذاﺗﯽ را ﺷﺎﻣﻞ ﻣﯽ ﺷﻮد و نسخه ﺟﺪﯾﺪﺗﺮ آن Cerebral ﻧﺎﻣﯿﺪه ﻣﯽ ﺷﻮد (۱۸۷).
ﺗﻌﺎﻣﻞ ﺳﺎزﻧﺪه ای ﻣﯿﺎن رﺷﺪ مجموعه های ﭘﺎﯾﮕﺎه داده های ﻣﺮﺗﺒﻂ ﺑﺎ اﯾﻤﻮﻧﻮﻟﻮژی ﻧﻈﯿﺮ SWISS- ،PIR ،DDBJ/DAD ،EMBL/TrEMBL ،GenBank/GenPept PROSITE ،PDB ،PROT و ﻏﯿﺮه وﺟﻮد دارد که در اﯾﻦ ﻣﯿﺎن ﭘﺎﯾﮕﺎه داده IMGT ﮐﯿﻔﯿﺖ ﺑﺎﻻی ﺷﺮح ﻧﻮﯾﺴﯽ ﺗﻮاﻟﯽ DNA و ﭘﺮوﺗﺌﯿﻨﯽ TCR ،Ig و MHC ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ. اﯾﻦ اﺑﺰارهای ﻣﺤﺎﺳﺒﺎﺗﯽ ﻣﻮﺟﺐ درک بهتر ﭘﺎﺳﺦ های اﯾﻤﻨﯽ و ﺗﮑﺎﻣﻞ ﺗﺪرﯾﺠﯽ ﭘﺎﺗﻮژن ﺗﺤﺖ ﻓﺸﺎر اﯾﻤﻨﯽ ﻣﯽ ﺷﻮﻧﺪ (۱۸۱).
جهت ﭘﯿﺸﺮﻓﺖ اﺑﺰارهای اﯾﻤﻮﻧﻮاﻧﻔﻮرﻣﺎﺗﯿﮏ، ﻧﯿﺎز به ﯾﮑﭙﺎرﭼﮑﯽ ﭘﺎﯾﮕﺎه های داده اﯾﻤﻮﻧﻮﻟﻮژﯾﮑﯽ و همکاری ﮔﺮوهی از ﺣﻮزه های ﻣﺨﺘﻠﻒ ﻋﻠﻤﯽ ﻣﯽ باشد و همچنین باید ﯾﮏ ﯾﮑﭙﺎرﭼﮕﯽ ﻣﯿﺎن ﺳﻄﺢ روش های رﯾﺎﺿﯿﺎﺗﯽ ﺑﺎ ﺳﻄﺢ روش های ﻣﻮﻟﮑﻮﻟﯽ ﺻﻮرت ﭘﺬﯾﺮد ﺗﺎ ﻣﻨﺠﺮ به ﮐﺎرﺑﺮی آن ها در زمینه هاﯾﯽ ﻧﻈﯿﺮ توسعه رژﯾﻢ های درﻣﺎﻧﯽ ﻧﻮﯾﻦ، ﻃﺮاﺣﯽ واﮐﺴﻦ و ﻣﺪﯾﺮﯾﺖ ﺑﯿﻤﺎری ها ﺷﻮد (۱۸۱).

۲-۲۰-۱-۲- ﭘﺎﯾﮕﺎه داده اپی توپ ها و ﺳﺎﺧﺘﺎرهای آﻧﺘﯽ ﺑﺎدی ﺑﺮای ﺳﻠﻮل B

اپی توپ هایﺳﻠﻮل B ﺷﺎﺧﺺ های آﻧﺘﯽ ژﻧﯿﮏ هستند که در ﺳﻄﺢ ﭘﺎﺗﻮژن ها ﺑﻮده و ﺑﺎ ﭘﺬﯾﺮﻧﺪه ﺳﻠﻮل B واﮐﻨﺶ ﻣﯽ دهند. ﭘﺬﯾﺮﻧﺪه ﺳﻠﻮل (BCR) B اﺳﺎﺳﺎ هیدروفوبیک، ﺷﺎﻣﻞ ﺷﺶ ﻟﻮپ ﺑﺴﯿﺎر ﻣﺘﻐﯿﯿﺮ ﺑﺎ ﻃﻮل و ﺗﺮﮐﯿﺐ آﻣﯿﻨﻮاﺳﯿﺪی ﻣﺘﻨﻮع ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ. اپی توپ های ﺳﻠﻮل B به ﻃﻮر ﺿﻤﻨﯽ ﺣﺎﻣﻞ اﻃﻼﻋﺎﺗﯽ از آﻧﺘﯽ ژن ها و روش اﺗﺼﺎل آن ها هستند. ﺣﺪود ٩٠% از اپی توپ هایﺳﻠﻮل B، اپی توپ های ﻓﻀﺎﯾﯽ و ﻏﯿﺮ پیوسته هستند. در ﺟﺪول ۲-۴ فهرست پایگاه های ﺳﻠﻮل B و ﺷﺮﺣﯽ از ﻋﻤﻠﮑﺮد آن ها به ﻃﻮر خلاصه ذﮐﺮ ﺷﺪه اﺳﺖ. همچنین در ادامه ﺗﻌﺪادی از اﯾﻦ ﭘﺎﯾﮕﺎه ها ﻣﻮرد ﺑﺤﺚ ﻗﺮار گرفته اﻧﺪ (۱۸۸).
ﭘﺎﯾﮕﺎه Bcipep اﻃﻼﻋﺎت ﺟﺎﻣﻌﯽ را در ﻣﻮرد اپی توپ های ﺳﻠﻮل B که به ﻃﻮر ﺗﺠﺮﺑﯽ ﺗﺎﺋﯿﺪ ﺷﺪه اﻧﺪ ﻓﺮاهم ﻧﻤﻮده و اﺑﺰارهاﯾﯽ را جهت نقشه ﯾﺎﺑﯽ اﯾﻦ اپی توپ ها در ﯾﮏ ﺗﻮاﻟﯽ آﻧﺘﯽ ژن در اﺧﺘﯿﺎر ﻣﯽ ﮔﺬارد. اﯾﻤﻨﯽ زاﯾﯽ ﯾﮏ ﭘﭙﺘﯿﺪ در Bcipep به سه ﺑﻌﺪ ﺗﻘﺴﯿﻢ ﻣﯽ ﺷﻮد: اپی توپ ﻏﺎﻟﺐ (Immunodominant)، اپی توپ اﯾﻤﻨﯽ زا و اپی توپ ﺧﻨﺜﯽ (ﻏﯿﺮ اﯾﻤﻮﻧﻮژﻧﯿﮏ). در اﯾﻦ ﭘﺎﯾﮕﺎه ﻣﯽ ﺗﻮان وسعت ﺟﺴﺘﺠﻮ را ﺑﺎ ﺗﻌﯿﯿﻦ ﻣﯿﺰان اﯾﻤﻮﻧﻮژﻧﺴﯿﺘه ﻣﺤﺪود ﮐﺮد (۱۸۹). ﭘﺎﯾﮕﺎه Bcipep واﺟﺪ ﻣﺤﺪودﯾﺖ هاﯾﯽ اﺳﺖ که از ان جمله ﻣﯽ ﺗﻮان به این که ﺣﺎوی اپی توپ هایﻏﯿﺮ پیوسته ﻧﯿﺴﺖ و ﯾﺎ ﺷﺎﻣﻞ ﺗﻌﺪاد ﻣﺤﺪود از ﭘﭙﺘﯿﺪهای ﻣﻨﺤﺼﺮ به ﻓﺮد ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ و نهایتا اﻃﻼﻋﺎﺗﯽ در ﻣﻮرد ﭘﭙﺘﯿﺪهاﯾﯽ ارائه می دهد که تنها در ﺑﺮدارﻧﺪه آﻣﯿﻨﻮاﺳﯿﺪهای ﻃﺒﯿﻌﯽ ﻣﯽ ﺑﺎﺷﻨﺪ. ﭘﺎﯾﮕﺎه داده CED ﻣﯽ ﺗﻮاﻧﺪ جهت ارزﯾﺎﺑﯽ و بهبود روش های ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ ﻣﻮﺟﻮد به ﮐﺎر گرفته ﺷﻮد (۱۹۰).
اﯾﻦ ﭘﺎﯾﮕﺎه مجموعه ای از اپی توپ هایﺳﻠﻮل B از ﻣﻘﺎﻻت، اپی توپ های ﻓﻀﺎﯾﯽ ﺗﻌﺮﯾﻒ ﺷﺪه به وسیله روش های اﻧﮑﺴﺎر اشعه اﯾﮑﺲ، رزوﻧﺎﻧﺲ ﻣﻐﻨﺎﻃﯿﺲ هسته ای، scanning mutagenesis، ﭘﭙﺘﯿﺪهای همپوﺷﺎن و ﻧﻤﺎﯾﺶ ﻓﺎژی ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ. ﻟﺬا اﯾﻦ ﭘﺎﯾﮕﺎه اﻃﻼﻋﺎت به ﺧﻮﺑﯽ شناخته ﺷﺪه ﻓﻀﺎﯾﯽ را نگهداری ﻣﯽ ﮐﻨﺪ. از ﺳﻮی دﯾﮕﺮ اﯾﻦ ﭘﺎﯾﮕﺎه اپی توپ های ﻓﻀﺎﯾﯽ را که به ﻃﻮر واﺿﺢ ﺗﻌﺮﯾﻒ ﻧﺸﺪه اﻧﺪ را ﺣﺬف ﮐﺮده و ﯾﺎ ﻧﻤﯽ ﭘﺬﯾﺮد و از اﯾﻦ رو اﯾﻦ ﭘﺎﯾﮕﺎه ﮐﻮﭼﮏ ﺑﺎﻗﯽ ﻣﺎﻧﺪه اﺳﺖ (۱۹۱). Epitome ﺣﺎوی همه ﺳﺎﺧﺘﺎرهای ﮐﻤﭙﻠﮑﺲ آﻧﺘﯽ ژن- آﻧﺘﯽ ﺑﺎدی شناخته ﺷﺪه ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ. همچنین اﺑﺰارهای ﻧﯿمه ﺧﻮدﮐﺎری در آن توسعه یافته اﺳﺖ که ﻣﯿﺎن ﮐﻨﺶ آﻧﺘﯽ ژﻧﯿﮏ را درون ﺳﺎﺧﺘﺎرهای ﮐﻤﭙﻠﮑﺲ آﻧﺘﯽ ژن- آﻧﺘﯽ ﺑﺎدی ﺷﻨﺎﺧﺘه ﺷﺪه، ﺷﻨﺎﺳﺎﯾﯽ ﻣﯽ ﮐﻨﺪ و اﯾﻦ ﻣﯿﺎن ﮐﻨﺶ ها درEpitome ذﺧﯿﺮه ﻣﯽ ﺷﻮﻧﺪ (۱۹۱).
ھﯿﭻ ﯾﮏ از ﺳﺎﯾﺮ پایگاه های داده ها ﻗﺎدر به ﺟﺎی دادن ﻧﻮاﺣﯽ ﺗﻌﯿﯿﻦ ﮐﻨﻨﺪه ﻣﮑﻤﻞ( complementary determining regions) ﯾﺎ ﺷﻨﺎﺳﺎﯾﯽ ﺑﺎﻗﯿﻤﺎﻧﺪهای آﻧﺘﯽ ژﻧﯿﮏ به ﻃﻮر ﺧﻮدﮐﺎر ﻧﯿﺴﺘﻨﺪ. ﭘﺎﯾﮕﺎه Epitome ﺳﺎﻟﯽ دو ﺑﺎر به دﻧﺒﺎل به روز ﺷﺪن ﺳﺮور Scop، به روز رﺳﺎﻧﯽ ﻣﯽ ﺷﻮد. اﮔﺮ Epitome و CED را ﺑﺎ هم ﻣﻘﺎیسه ﮐﻨﯿﻢ، ﻣﯽ فهمیم از ﻧﻈﺮ اﻧﺪازه ﻣﺸﺎبه ﺑﻮده و ﺗﻔﺎوت آن ها در ﻣﻨﺎﺑﻊ آن ها جهت ﺟﻤﻊ آوری اپی توپ هایﺳﻠﻮل B اﺳﺖ. ﭘﺎﯾﮕﺎه Epitome اﭘﯽ ﺗﻮپ های ﺳﻠﻮل B را تنها از ﺳﺎﺧﺘﺎرهای ﻣﻮﺟﻮد در ﺑﺎﻧﮏ اﻃﻼﻋات ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ (Protein Data Bank (PDB اﺳﺘﺨﺮاج ﻣﯽ ﮐﻨﺪ و ﺷﺎﻣﻞ اﻃﻼﻋﺎﺗﯽ از ﻧﻮاﺣﯽ ﺗﻌﯿﯿﻦ ﮐﻨﻨﺪه ﻣﮑﻤﻠﯽ اﺳﺖ. در ﻣﻘﺎﺑﻞ CED، اﻃﻼﻋﺎﺗﺶ را از ﻣﻘﺎﻻت و روش هاﯾﯽ که در ﺑﺎﻻ ذﮐﺮ ﺷﺪ ﻣﯽ ﮔﯿﺮد. ﭼﻮن ﻣﻨﺎﺑﻊ آن ها ﻣﺘﻔﺎوت اﺳﺖ، بهتر اﺳﺖ هر ﻓﺮد از هردوی آن ها اﺳﺘﻔﺎده ﮐﻨﺪ ﺗﺎ به نتیجه دﻟﺨﻮاه ﻧﺰدﯾﮑﺘﺮ ﺷﻮد (۱۹۲).
ﺟﺪول۲-۴: ﭘﺎﯾﮕﺎه داده اپی توپ ها و ﺳﺎﺧﺘﺎرهای آﻧﺘﯽ ﺑﺎدی ﺑﺮای ﺳﻠﻮل B ﻣﺨﺘﻠﻒ (۱۸۱،۱۸۴،۱۸۸).

۲-۲۰-۱-۳- ﭘﺎﯾﮕﺎه داده اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺳﻠﻮلT

اپی توپ هایﺳﻠﻮلT به ﻃﻮر ﻏﺎﻟﺐ اﻓﯿﻨﯿﺘﯽ ﺑﺎﻻﯾﯽ ﺑﺮای اﺗﺼﺎل به MHC ﻧﺪارﻧﺪ. ﭘﺎﺳﺦ ﻋﻤﻠﮑﺮدی ﺳﻠﻮل T ﻧﯿﺎزﻣﻨﺪ ﭘﭙﺘﯿﺪ ﻣﺘﺼﻞ ﺷﻮﻧﺪه به MHC و ﻣﯿﺎن ﮐﻨﺶ ﻣﻨﺎﺳﺐ ﻣﯿﺎن ﻟﯿﮕﺎﻧﺪ – ﭘﭙﺘﯿﺪ MHC ﺑﺎ ﯾﮏ ﭘﺬﯾﺮﻧﺪه ﺳﻠﻮل T (TCR) ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ. جهت ﺗﻌﯿﯿﻦ اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺳﻠﻮل T، ﻧﯿﺎز به اﻃﻼﻋﺎت روﺷﻨﯽ از ﻧﺤﻮه اﺗﺼﺎل ﭘﭙﺘﯿﺪها به ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ درارﺗﺒﺎط ﺑﺎ اﻧﺘﻘﺎل (TAP) و MHCها جهت ﻣﺪل ﺳﺎزی اﯾﻦ ﻓﺮاﯾﻨﺪ ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ. ﭘﺎﯾﮕﺎه داده SYFPEITHI واﺟﺪ اﻃﻼﻋﺎﺗﯽ از ﻣﻮﺗﯿﻒ های ﻟﻨﮕﺮی MHC ﮐﻼس I و II و اﺧﺘﺼﺎﺻﯿﺖ اﺗﺼﺎل ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ (۱۹۱). اﺳﺎس ﻣﻌﯿﺎرهای اﻣﺘﯿﺎز ﺑﻨﺪی اﯾﻦ ﭘﺎﯾﮕﺎه ﺑﺪﯾﻦ ﺻﻮرت اﺳﺖ که ﻣﻘﺎدﯾﺮ اﻣﺘﯿﺎز محاسبه ﺷﺪه ﺳﺒﺐ ﺗﻤﺎﯾﺰ ﻟﻨﮕﺮ، ﻟﻨﮕﺮ ﻓﺮﻋﯽ ﯾﺎ توالی های ﺗﺮﺟﯿﺤﯽ ﻣﯽ ﺷﻮد. ﭘﺎﯾﮕﺎه FRED ﺑﺎ روش های ﭘﺮدازش داده ﮐﺎر ﻣﯽ ﮐﻨﺪ. همچنین ﮐﺎراﯾﯽ روش های ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ را با در ﻧﻈﺮ ﮔﺮﻓﺘﻦ ارزشهای ﺗﺠﺮﺑﯽ مقایسه ﻣﯽ ﮐﻨﺪ. همچنین اﯾﻦ ﭘﺎﯾﮕﺎه ﺣﺎوی ﺗﻮاﻟﯽ های ﭘﻠﯽ ﻣﻮرف اﺳﺖ (۱۹۱).
ﭘﺎﯾﮕﺎه IMGT ﺣﺎوی مجموعه ای ﻣﻔﯿﺪ از اﯾﻤﻮﻧﻮﮔﻠﻮﺑﻮﻟﯿﻦ ها، ﭘﺬﯾﺮﻧﺪه هایﺳﻠﻮل T،MHC و ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ های ﺳﯿﺴﺘﻢ اﯾﻤﻨﯽ اﻧﺴﺎن و مهره داران ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ. ﺧﻮد اﯾﻦ ﭘﺎﯾﮕﺎه واﺟﺪ ۵ زﯾﺮ ﭘﺎﯾﮕﺎه و ١۵ اﺑﺰار آﻧﻼﯾﻦ جهت آﻧﺎﻟﯿﺰ ﺗﻮاﻟﯽ، ژﻧﻮم و ﺳﺎﺧﺘﺎر سه ﺑﻌﺪی ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ. ﭘﺎﯾﮕﺎه IEDB با حمایت اﻧﺴﺘﯿﺘﻮ ﻣﻠﯽ آﻟﺮژی و ﺑﯿﻤﺎری های ﻋﻔﻮﻧﯽ آﻣﺮﯾﮑﺎ راه اندازی شده است و اﺑﺰارهای ﮔﻮﻧﺎﮔﻮﻧﯽ جهت ﭘﯿﺪا ﮐﺮدن اپی توپ های ﺳﻠﻮل B و T دارد (۱۹۳).

۲-۲۰-۲-اﺑﺰارها و اﻟﮕﻮرﯾﺘﻢ های ﻣﺘﻨﻮع ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ

ﮔﺎم مهم در ﭘﺎﺳﺦ اﯾﻤﻨﯽ اﮐﺘﺴﺎﺑﯽ، ﺷﻨﺎﺳﺎﯾﯽ آﻧﺘﯽ ژن به وسیله آﻧﺘﯽ ﺑﺎدی ها و ﺳﻠﻮل های T اﺳﺖ که ﺳﺒﺐ به راه اندازی ﻣﮑﺎﻧﯿﺴﻢ های دﻓﺎعی از بدن ﻣﯽ ﺷﻮد. از اﯾﻦ رو، ﺷﻨﺎﺳﺎﯾﯽ ﻣﮑﺎن های ﻣﻮرد اﺗﺼﺎل آﻧﺘﯽ ﺑﺎدی و ﺳﻠﻮل T (اپی توپ ها) در آﻧﺘﯽ ژن های ﭘﺮوﺗﺌﯿﻨﯽ در زﯾﺴﺖ ﭘﺰﺷﮑﯽ واﺟﺪ اهمیت ﺣﯿﺎﺗﯽ ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ. راهکار های ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ آﻧﺘﯽ ژﻧﺴﯿﺘﯽ ﯾﺎ اﭘﯽ ﺗﻮپ را ﻣﯽ ﺗﻮان به ﺗﺮﺗﯿﺐ به ﺻﻮرت ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﻋﻨﺎﺻﺮ ﻣﺘﺼﻞ ﺷﻮﻧﺪه به TAP، ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﻧﻮاﺣﯽ ﺑﺮش ﭘﺮوﺗﺌﻮزوﻣﯽ، ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﻣﻨﺎﻃﻖ ﻣﺘﺼﻞ ﺷﻮﻧﺪ به MHC و ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ هایﺳﻠﻮل T و B انجام داد. به همین دﻟﯿﻞ ، ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﮐﻨﻨﺪها و پایگاه های اﭘﯽ ﺗﻮپ به وﺟﻮد آﻣﺪه اﻧﺪ که ﺑﺮ ﯾﮏ ﯾﺎ ﭼﻨﺪﯾﻦ مرحله از ﻓﺮاﯾﻨﺪ ﭼﻨﺪ مرحله ای ﺗﻮﻟﯿﺪ اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺗﻤﺮﮐﺰ ﮐﺮده اﻧﺪ. روش های ﺗﺠﺮﺑﯽ در اﯾﻦ زمینه ﻣﺸﮑﻞ و زﻣﺎﻧﺒﺮ ﻣﯽ ﺑﺎﺷﻨﺪ. از اﯾﻦ رو ﭼﻨﺪﯾﻦ روش in silico توسعه و در جهت ﺷﻨﺎﺳﺎﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ به ﮐﺎر گرفته ﺷﺪه اﻧﺪ. اﯾﻦ ابزارها در ﺑﺮﮔﯿﺮﻧﺪه روش های ﻣﺸﺘﻖ از ﻣﺎﺗﺮﯾﮑﺲ ها (matrix-driven methods)، ﯾﺎﻓﺘﻦ ﻣﻮﺗﯿﻒ های ﻣﺘﺼﻞ ﺷﻮﻧﺪه ﺳﺎﺧﺘﺎری، آﻧﺎﻟﯿﺰ ارﺗﺒﺎط ﻓﻌﺎﻟﯿﺖ-ﺳﺎﺧﺘﺎر QSAR، هومولوژی ﻣﺪﻟﯿﻨﮓ (homology modeling)، ﺑﻨﺪﮐﺸﯽ ﭘﺮوﺗﺌﯿﻨﯽ (protein threading)، ﺗﮑﻨﯿﮏ داﮐﯿﻨﮓ و ﻃﺮاﺣﯽ ﭼﻨﺪﯾﻦ اﻟﮕﻮرﯾﺘﻢ و اﺑﺰار ﯾﺎدﮔﯿﺮی ﻣﺎﺷﯿﻦ (Machine learning) اﺳﺖ (۱۹۰). در گذشته، روش های محاسبه ای تنها ﻗﺎدر به ﺷﻨﺎﺳﺎﯾﯽ ﺧﺼﻮﺻﯿﺎت ﺗﻮاﻟﯽ ﺑﻮدﻧﺪ اﻣﺎ اﻟﮕﻮرﯾﺘﻢ ها و اﺑﺰارهای ﻧﻮﯾﻦ بهینه ﺷﺪه و ﻃﺮاﺣﯽ آن ها جهت اﻓﺰاﯾﺶ ﮐﺎراﯾﯽ ﻋﻤﻠﯿﺎت ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﺻﻮرت گرفته اﺳﺖ، البته مطالعه ﻣﺒﺘﻨﯽ ﺑﺮ آزﻣﻮن و ﺧﻄﺎ ﻧﺸﺎن داده که ﺗﺮﮐﯿﺐ ﻧﺘﺎﯾﺞ اﺑﺰار های ﻣﺨﺘﻠﻒ که از اﻟﮕﻮرﯾﺘﻢ های ﻣﺘﻔﺎوت اﺳﺘﻔﺎده ﻣﯽ ﮐﻨﻨﺪ ﻣﺜﻼ در ﻣﻮرد ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﻣﺘﺼﻞ ﺷﻮﻧﺪﮔﺎن به MHC ﮐﻼس I ﻣﯿﺰان ﻧﺘﺎﯾﺞ دﻗﯿﻖ ﺗﺮی ﻧﺴﺒﺖ به اﺳﺘﻔﺎده آن ها به تنهایی ﻣﯽ دهد (۱۹۰).

۲-۲۰-۲-۱-ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ هایﺳﻠﻮل B

اﯾﻤﻨﯽ ﺷﻨﺎﺳﺎن از ﻣﻮﻓﻘﯿﺖ های ﺑﯿﻮاﻧﻔﻮرﻣﺎﺗﯿﮏ که به ﮐﺎرﮔﯿﺮی ﺗﻮاﻟﯽ ژﻧﻮم اﻧﺴﺎن ﺣﺎﺻﻞ ﺷﺪه، الهام ﮔﺮﻓﺘﻨﺪ و به ﺳﻤﺖ اﻟﮕﻮرﯾﺘﻢ های ﻣﺸﺎبهی به ﻣﻨﻈﻮر ﺣﻞ ﻣﺸﮑﻼت ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ ها رهنمون ﺷﺪﻧﺪ. ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ توپهای پیوسته ﺳﻠﻮل B ﺑﺴﯿﺎر ﻣﺸﺎبه به ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺳﻠﻮل T اﺳﺖ که اﺳﺎﺳﺎ ﻣﺒﺘﻨﯽ ﺑﺮ ﺧﺼﻮﺻﯿﺎت و وﯾﮋﮔﯽ های آﻣﯿﻨﻮاﺳﯿﺪها، ﻧﻈﯿﺮ هیدروفیلیسیتی، ﺑﺎر اﻟﮑﺘﺮﯾﮑﯽ، ﻧﻮاﺣﯽ ﺳﻄﺤﯽ در ﻣﻌﺮض، ﺳﺎﺧﺘﺎر ﺛﺎﻧﻮیه و ﻏﯿﺮه اﺳﺖ اﻣﺎ ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ هایﻏﯿﺮ پیوسته و ﻓﻀﺎﯾﯽ ﻧﯿﺎز به ﺷﻨﺎﺧﺖ از ﺳﺎﺧﺘﺎر ۳D ﮐﻤﭙﻠﮑﺲ Ag-Ab و ﺳﺎﯾﺮ ﻣﺴﺎﺋﻞ ﻧﯿﺰ دارد. ﺗﺠﺮﺑﯿﺎت ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ در ﻣﻮرد ﺳﻠﻮل هایB ﻋﻤﻮﻣﺎ ﺑﺮ ﻣﺒﻨﺎی اپی توپ های ﺧﻄﯽ اﺳﺖ و ﺑﺮای اپی توپ هایﺧﻄﯽ هم اﺑﺰارهای ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﮐﻨﻨﺪه ﺑﺮ ﻣﺒﻨﺎی ﺗﻮاﻟﯽ وﺟﻮد دارد و هم ﺑﺮ ﻣﺒﻨﺎی ﺳﺎﺧﺘﺎر، اﻣﺎ اﺑﺰارهای ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﮐﻨﻨﺪه ﺑﺮای اپی توپ هایﻏﯿﺮ پیوسته ﺳﻠﻮل B ﻣﺤﺪود ﻣﯽ ﺑﺎﺷﻨﺪ (۱۹۰).