- نشانگرهای سیتوژنتیکی
- نشانگرهای پروتئینی
- نشانگرهای فنوتیپی
- نشانگرهای مولکولی
2-13-1 نشانگرهای مورفولوژیکی
تفاوت موجود بین ردیف دی. اِن. اِ کروموزومهای هر ارگانیزم که از افراد به نتاج آنها منتقل میگردد و می تواند به عنوان نشانه یا نشانگر ژنتیکی به کار گرفته شود. این تفاوت می تواند به طرق مختلفی تظاهر یابد برخی از این تفاوتها به صورت عرضی بوده و در صفات قابل رؤیت در آزمایشات مندلی تجلی مینمایند این گونه نشانهها را نشانگرهای مورفولوژیکی مینامند.
2-13-2 نشانگرهای فیزیولوژیکی
مطالعات مربوط به بعضی صفات نشان میدهد که افزایش تولید با افزایش سطح برخی از هورمونها در پلاسما همراه است پس میزان این هورمونها می تواند به عنوان یک نشانگر فیزیولوژیک محسوب شود. اشکال نشانگرهای فیزیولوژیک این است که این نشانگرها (از جمله سطح هورمونها در پلاسمای خون) علاوه بر ژنها به شدت تحت تاثیر محیط داخلی، سن و جنس هستند.
2-13-3 نشانگرهای سیتوژنتیکی
در بسیاری موجودات زنده تفاوتهایی در گستره کروموزومی مشاهده می شود که میتوانند به عنوان نشانگر به کار روند. تلوسنتریکها، جابجاییها و الگوهای نواربندی (G, C, R, Q و غیره) از جمله این نشانگرها میباشند.
2–13–4 نشانگرهای مولکولی
نشانگرهای RFLP اولین نشانگرهای توسعه یافته و مطمئنترین روش برای تشخیص پلیمورفیسم میباشند. خاصیت اختصاصی بودن لوکوس، دستهبندی دقیق ژنوتیپها را امکان پذیر می کند. این ویژگی باعث کاربرد گسترده آنها در مطالعات نقشهیابی مقایسه ای بین گونه های خویشاوند می شود. با این وجود آنالیز RFLP از نظر هزینه و وقت مقرون به صرفه نبوده و نیاز به مقدار نسبتا زیادی دی. اِن. اِ دارد. این محدودیتها بهوسیله معرفی نشانگرهای مبتنی بر پی. سی. آر مانند RAPD، ریزماهوارهها و AFLP رفع شده است. هر چند که هیچکدام از این تکنیکهای جایگزین بدون عیب نیستند. به عنوان مثال نشانگر RAPDبرای تهیه نقشههای پیوستگی ژنتیکی در گونه های گیاهی استفاده می شود، اما موارد استفاده این تکنولوژی به علت غیراختصاصی بودن آنها تنها به پروژه های نقشهیابی وسیع محدود می شود. از طرف دیگر ریزماهوارهها، نشانگرهای همبارزی هستند که سطوح بالاتری از تنوع آللی را نسبت به RAPD و RFLP شناسایی می کنند. ریزماهوارهها برای ساختن نقشههای متراکم ژنوم پستانداران مانند انسان و موش مورد استفاده قرار گرفتهاند. ریزماهوارهها میتوانند سطوح بالاتری از تنوع آللی را در گیاهان شناسایی کنند اما به پرایمرهای اختصاصی آلل نیاز دارند. اخیرا تکنیک توسعه یافته AFLP مورد استفاده قرار میگیرد که ظرفیت آزمایش تعداد بیشتری از لوکوسها را برای شناسایی پلیمورفیسم نسبت به RAPD و ریزماهوارهها دارد. این مزیت حتی در مورد مقایسه داخل گونه ای جایی که پلیمورفیسم خیلی کمتر است نیز صدق می کند. به علاوه AFLP این مزیت را دارد که نیازی به اطلاعات توالی اولیه ندارد. روش جدیدتری از نشانگرهای (مارکرهای) مولکولی پلیمورفیسم ناشی از نوکلئوتیدهای منفرد (SNP) است که عمومیترین شکل پلیمورفیسم دی. اِن. اِ محسوب می شود که میتوان در یک ژنوم پیدا کرد. گمان میرود که یک SNP به طور متوسط در فواصل 1000-300 باز وجود داشته باشد. عبارت مترادف دیگری که میتوان به جای مفهوم SNP به کار برد کلمه نشانگر دو آللی است که به این صورت تعریف می شود: دو آللی که ممکن است در یک موقعیت نوکلئوتیدی مشخص در یک سلول دیپلوئید با هم متفاوت باشند. به SNPها میتوان به دید نشانگرهایی نگاه کرد که احتمالاً در نسل آینده میتوانند باعث تکمیل و یا حتی جایگزین نشانگرهای موجود شوند که اکنون در آزمایشگاهها به طور معمول استفاده میشوند. یکی از علل جذابیت SNPها امکان شناسایی آنها با بهره گرفتن از سیستمهای غیر مبتنی بر ژن است. موفقیت بالای اینها همراه با سیستمهای اتوماسیون که در حال توسعه و پیشرفت هستند امکان استفاده از SNP را در سیستمهای مختلف فراهم میسازد. اگرچه در مجموع داده های محدودی از SNP در گیاهان و جانوران وجود دارد ولی اخیراً مطالعات زیادی در این زمینه خصوصا در گیاه آرابیدوپسیس[27] انجام شده است (گلهداری و همکاران، 1385).
( اینجا فقط تکه ای از متن فایل پایان نامه درج شده است. برای خرید متن کامل پایان نامه با فرمت ورد می توانید به سایت feko.ir مراجعه نمایید و کلمه کلیدی مورد نظرتان را جستجو نمایید. )
2-13-4-1 انواع نشانگرهای دی. اِن. اِ
2-13-4-1-1 نشانگرهای مبتنی بر واکنش زنجیرهای پلیمراز
- تفاوت طول قطعات هضم شده محصولات پی. سی. آر[28]
- تفاوت طول قطعات قابل تکثیر[29]
- تفاوت فرم فضایی رشته های منفرد[30]
- تکثیر تصادفی دی. اِن. اِ پلیمورف[31]
- ریزماهوارهها[32]
- انگشتنگاری با دی. اِن. اِ تکثیر شده[33]
- پلیمورفیسم تک نوکلئوتیدی[34]
- تفاوت طول قطعات حاصل از تکثیر[35]
- موقعیت توالی نشاندار[36]
- ردیفهای بیان شده نشاندار[37]
2–13-4-1-2 نشانگرهای غیر مبتنی بر واکنش زنجیرهای پلیمراز
- تفاوت طول قطعات حاصل از هضم دی. اِن. اِ توسط آنزیم محدودگر[38]
- پویش ژنومی نشانه های هضم[39]
- ماهوارکها[40]
- تعداد متغیرهای تکرارهای متوالی[41] (فرهادی، 1392).
جدول 3-2 مقایسه کلی ویژگی انواع نشانگرها
SNP
AFLP
Microsatellite
RADP
RFLP
Minisatellite
ویژگی
عالی
عالی
[یکشنبه 1401-04-05] [ 11:39:00 ب.ظ ]
|